Xã Yên Mỹ nằm ở trung tâm huyện Yên Mô, cách trung tâm thành phố Ninh Bình 20 km, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp xã Yên Từ
• Phía nam giáp xã Yên Mạc
• Phía tây giáp xã Yên Thành
• Phía bắc giáp xã Yên Hưng.

Xã Yên Mỹ có diện tích 4,76 km², dân số năm 2019 là 4.654 người[1], mật độ dân số đạt 978 người/km².

Xã này có quốc lộ 12B (tỉnh lộ 480 cũ) nối từ Quốc lộ 1A tại Mai Sơn qua thị trấn Yên Thịnh đến Quốc lộ 10 tại Lai Thành.